L’intestino umano ospita non solo trilioni di batteri, ma anche i virus, chiamati batteriofagi, che li infettano. Tuttavia, si sa ancora poco sul numero e sulla diversità dei batteriofagi presenti nell’intestino. Analizzando più di 28.000 campioni di microbioma intestinale raccolti in diverse parti del mondo, i ricercatori hanno individuato circa 142.000 specie virali che vivono nell’intestino umano, la maggior parte delle quali non era mai stata identificata prima. Il numero e la diversità dei virus sono risultati sorprendentemente alti. Tra i virus intestinali scoperti di recente, i ricercatori hanno identificato un clade – ovvero un gruppo di virus che si ritiene abbia un antenato comune – altamente prevalente, che è stato denominato Gut Bacteroidales Phage, o Gubaphage, e che è risultato il secondo virus più diffuso nell’intestino umano. I risultati potrebbero facilitare studi futuri volti a comprendere come i batteriofagi intestinali influenzano la salute umana.
L’intestino umano ospita non solo trilioni di batteri, ma anche i virus, chiamati batteriofagi, che li infettano. Di recente, un gruppo di ricercatori ha individuato più di 140.000 specie virali che vivono nell’intestino umano, la maggior parte delle quali non era mai stata identificata prima. I risultati, pubblicati su Cell, potrebbero facilitare studi futuri volti a comprendere come i batteriofagi intestinali influenzano la salute umana. «È importante ricordare che non tutti i virus sono dannosi, ma rappresentano una componente integrante dell’ecosistema intestinale», afferma il coautore dello studio Alexandre Almeida dell’EMBL-EBI e del Wellcome Sanger Institute. Per valutare il numero e la diversità dei batteriofagi presenti nell’intestino umano, Alexandre Almeida e i suoi colleghi, in collaborazione con Luis Camarillo-Guerrero e Trevor Lawley del Wellcome Sanger Institute, hanno sequenziato e analizzato il genoma di oltre 28.000 campioni di microbioma intestinale.
Microbiota e virus
Il numero e la diversità dei virus nell’intestino umano sono risultati inaspettatamente alti. Il team di ricercatori ha infatti identificato circa 142.000 specie virali, di cui l’80% non apparteneva ad alcuna famiglia virale nota. I rimanenti facevano parte principalmente delle famiglie virali Podoviridae, Siphoviridae e Myoviridae; precedenti studi avevano mostrato l’arricchimento di queste famiglie nelle feci umane. I ricercatori hanno poi misurato la diversità dei batteriofagi all’interno di quattro comuni batteri intestinali umani – Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria e Actinobacteriota – scoprendo così che i Firmicutes presentano una diversità virale significativamente più alta rispetto agli altri batteri. Ulteriori esperimenti hanno dimostrato che circa un terzo dei batteriofagi intestinali infetta diversi batteri piuttosto che una singola specie batterica.
Grazie ai dati raccolti, il team di ricercatori ha creato un database denominato Gut Phage Database, che contiene le decine di migliaia di virus scoperti.
Gubaphage: un nuovo tipo di virus
Tra i virus intestinali scoperti di recente, i ricercatori hanno identificato un clade – ovvero un gruppo di virus che si ritiene abbia un antenato comune – altamente prevalente che è stato denominato Gut Bacteroidales phage, o Gubaphage. Il Gubaphage è risultato il secondo clade virale più diffuso nell’intestino umano, dopo il crAssphage precedentemente descritto in altri studi.
Sebbene i clade CrAssphage e Gubaphage sembrino infettare tipi simili di batteri intestinali, non è ancora chiaro quali siano le esatte funzioni del Gubaphage. «La ricerca sui batteriofagi sta attualmente vivendo una rinascita. Questo database di alta qualità e su larga scala di virus intestinali umani arriva al momento giusto per fungere da modello per guidare l’analisi ecologica ed evolutiva in futuri studi sui viromi», afferma Trevor Lawley. Alexandre Almeida osserva infine che i campioni di microbioma intestinale sono stati raccolti principalmente da persone sane: «È affascinante osservare quante specie sconosciute vivono nel nostro intestino e sarà interessante cercare di svelare il legame che hanno con la salute umana».
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